PCR Echinococcus sp.

1 - Tests utilisés

La PCR multiplexe en temps réel est la méthode utilisée en première ligne lors de l’arrivée de l’échantillon au LNR (technique in house). En cas de négativité de cette PCR, la PCR multiplexe classique dérivée de la technique publiée par Trachsel et al. (2007) est réalisée.

2 - Description des tests

  1. PCR multiplexe en temps réel : cette PCR a la particularité de cibler simultanément d’E. multilocularis (échinococcose alvéolaire) et E. granulosus sensu stricto. Cette dernière est la sous-espèce du complexe E. granulosus sensu lato la plus fréquemment retrouvée dans les cas d’échinococcose kystique. L’élaboration du protocole a été développée et validée par le laboratoire de Microbiologie du CHU de Liège (technique in house). 
  2. PCR multiplexe classique Trachsel : Outre l’identification de l’E. multilocularis, elle présente l’avantage de cibler également toutes les sous-espèces du complexe E. granulosus sensu lato par l’amplification d’un gène commun à toutes. Cependant, un recours à un séquençage post-PCR (séquençage sanger) est nécessaire afin de discriminer précisément la sous-espèce.

3 - Critères pour la réalisation des tests

En cas de prescription d’une PCR , et selon les cas,  la PCR multiplexe est réalisée seule ou complétée par une PCR classique en cas de négativité de la première.

4 - Instructions sur l’échantillon

Prélèvements requis :

  1.  Biopsie fraiche ou incluse en paraffine 
  2. Pièce chirurgicale fraiche 
  3. Liquide biologique : bile, liquide pleural, liquide de ponction, prélèvement respiratoire 

Volume requis : 
Pour les liquides biologiques et prélèvements respiratoires, un volume de minimum 1 mL est requis. 

Conditions de conservation : 
Les prélèvements doivent être conservés à une température comprise entre 2 et 8°C  dans les 24h. Au-delà de 24h, ils sont conservés à -20°C. 

5 - Instructions d’envoi

Dans les 24h, l’échantillon est acheminé à une température comprise entre 2 et 8°C. Au-delà de ce temps, il est transporté à – 20°C.

Pour les biopsies et pièces chirurgicales fraiches, les prélèvements doivent être protégés de la déshydratation, il est alors nécessaire de les conserver dans un liquide physiologique stérile.

L’étiquetage et les conditions conformes aux règles concernant les échantillons infectieux, le récipient et l’emballage sont d’applications.

6 - Délai pour recevoir les résultats

Les tests sont réalisés tous les jours ouvrables, du lundi au vendredi. Les résultats sont disponibles le jour même ou le lendemain en cas de contrôle nécessaire. Si un séquençage post-PCR est nécessaire, il faut compter un délai supplémentaire d’une semaine.

7 - Communication des résultats

Les résultats sont communiqués via un compte-rendu papier envoyé par la poste ou par voie  électronique. Les résultats positifs sont communiqués par téléphone et faxés au clinicien ou au laboratoire sous-traitant.