La cytogénétique est un domaine de la génétique qui étudie les phénomènes génétiques au niveau des chromosomes.
Les techniques utilisées sont :
1) Le caryotype : classement des chromosomes d’une cellule afin d’en vérifier le nombre et la structure.
Technique:
- mise en culture des cellules (sang, peau, moelle osseuse…) à 37°C
- traitement : arrêt des cultures en métaphase, choc hypotonique, fixations
- coloration par exemple à la quinacrine (obtention de bandes Q) ou au colorant de Wright (obtention de bandes G)
- lecture au microscope : capture d’image (caméra)
- analyse assistée par ordinateur des mitoses obtenues (logiciel de classement)
2) La technique de FISH (hybridation in situ en fluorescence)
Principe de la technique:
Technique rapide basée sur l'hybridation de l'échantillon avec une sonde fluorescente spécifique d'une région particulière d'un chromosome.
Elle permet de mettre en évidence des remaniements chromosomiques sur noyaux au repos (cytogénétique interphasique) ou des réarrangements de petite taille, non détectables au caryotype standard.
3) Test de PCR quantitative de détection rapide des aneuploïdies (qPCR elucigene)
Cette analyse est réalisée sur de l’ADN extrait de prélèvement de liquide amniotique, de trophoblaste ou de sang de cordon foetal. Elle est réalisée grâce à un kit de PCR fluorescente quantitative (Elucigene QST*Rplusv2, Elucigene Diagnostics) qui permet d’amplifier des séquences hautement polymorphiques d’ADN appelées STR (short tandem repeats). Des marqueurs autosomaux sont utilisés afin de détecter les 3 trisomies viables les plus courantes : trisomie 21 (syndrome de Down), trisomie 18 (syndrome d’Edwards) et trisomie 13 (syndrome de Patau). Des marqueurs sur les chromosomes X et Y et un marqueur permettant la quantification du nombre de chromosomes X présents permettent de diagnostiquer des aneuploïdies des chromosomes sexuels. De plus, si l’ADN de la mère est analysé en parallèle du prélèvement foetal, ce test permet de mettre en évidence une contamination maternelle éventuelle de l’échantillon foetal.
4) La technique de CGH-array (caryotype moléculaire) :
La CGH array (Comparative Genomic Hybridisation sur microarray), appelée aussi "caryotype moléculaire", est une nouvelle méthode d’exploration des chromosomes, automatisable qui s’affranchit des cultures cellulaires et a un pouvoir de résolution 100 fois supérieur à celui du caryotype. La CGH array permet la détection de déséquilibres chromosomiques (délétions, duplications ou remaniements complexes), dont la taille varie avec la résolution de la puce utilisée.
Principe de la technique
La technique de CGH array consiste à cohybrider la même quantité d’ADN d’un patient et d’un témoin, marqué chacun par un fluorochrome différent, sur une lame de verre (puce à ADN) sur laquelle sont fixées des séquences d’ADN (appelées sondes).
Après avoir hybridé les deux ADN sur la puce à ADN, un rapport de fluorescence est calculé au niveau de chaque fragment d’ADN fixé (comparaison du ratio ADNpatient/ADNtémoin). Un traitement statistique des données est ensuite réalisé grâce à des logiciels dédiés et les résultats sont donnés sous forme de représentation graphique. L’existence d’un gain ou d’une perte d’un segment génomique du patient sera détectée par une variation du rapport d’intensité de fluorescence au-delà d’un seuil déterminé.
La résolution de la puce (c’est-à-dire sa capacité à détecter un déséquilibre génomique) dépend du nombre de sondes et de leur localisation sur le génome.
Notre laboratoire utilise la technologie Agilent de résolution 180K (pour 180.000 sondes) ou 60K.
Liens utiles :
- http://www.eaclf.org/
- http://www.beshg.be/
- http://www.beshg.be/index.php?page=workgroups (guidelines)
Contacts
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