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Les critères rejoignent ceux valables pour les autres organes. La compatibilité ABO est requise. D’un point de vue virologique, on évitera les donneurs CMV+, surtout pour les receveurs négatifs. On insistera surtout sur la stabilité hémodynamique, reflétée par les paramètres vitaux, le recours ou non aux vasopresseurs, le ph artériel, les perturbations biologiques.

L’organisme tente en effet, avant tout, de préserver la vascularisation cérébrale et cardiaque par une vasoconstriction splanchnique qui peut entraîner des lésions muqueuses et trans-murales délétères pour l’intestin. Des antécédents de chirurgie abdominale avec, notamment, résection grêle ou colique, ou de maladie intestinale (par exemple inflammatoire) sont dans la majorité des cas des contre-indications au prélèvement.