Activités

Techniques disponibles

Tests d’identification (microscopie, Maldi-Tof, PCR, séquençage moléculaire)

Analyse morphologique incluant l'observation de l'aspect macroscopique et des caractéristiques microscopiques. Analyse génotipique incluant l'analyse des séquences nucléotidiques d’une ou plusieurs régions après extraction d’ADN si l'identification macro/microscopique est non concluante. Identification en spectrométrie de masse Maldi-Tof (analyse des protéines totales) pour les levures et certains champignons filamenteux.

Délai de réponse : 1 jour (minimum) à 3 semaines (maximum)

**Tests de sensibilité in vitro (microdilution en milieu liquide et/ou Etest)**

Détermination des profils de sensibilité aux antifongiques par une méthode de microdilution en milieu liquide (Sensititre). Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) de l’amphotéricine B, 5-fluorocytosine, anidulafungine, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole, caspofungine, et micafungine sont déterminées grâce à cette méthode.

Délai de réponse : Levures 4 jours ouvrables, champignon filamenteux 7 jours ouvrables.

PCR pour l’identification de moisissures dans des échantillons positifs en microscopie et négatifs en culture

Test réalisé uniquement pour des cas d'infection fongique invasive ou cliniquement pertinente.

Délai de réponse :1 à 4 semaines.

Typage de souches (dans un contexte épidémique)

Séquençage et/ou technique Diversilab (analyse des empreintes d'ADN par rep-PCR).

Délai de réponse : 1 à 4 semaines.

Collection de souches

Le centre de référence mycose possède une collection importante de dermatophytes du genre Trichophyton, Microsporum ou Epidermophyton. Une collection de levures et d'autres champignons filamenteux est également disponible. De manière générale, tous les échantillons envoyés au CNR sont conservés dans la champithèque après caractérisation.

Activité de conseil

Le CNR assure une activité de conseil auprès des cliniciens et microbiologistes confrontés à des patients atteints de mycoses invasives ou superficielles. Pour toute question, le personnel du CNR est disponible par email ou par téléphone (Voir coordonnées de contact).

Assurance qualité

Le laboratoire de Microbiologie clinique du CHU de Liège a mis en place une démarche d’accréditation du laboratoire depuis quelques années. La mise en place du système qualité du CNR mycoses de Liège a été initiée en 2012. La démarche retenue pour mettre en conformité le CNR avec la norme ISO 15189 (BELAC 128 MED) est fondée sur la rédaction de procédures pour chaque analyse proposée par le CNR, la création d’un dossier de validation complet pour chacune de ces techniques et un état des lieux des procédures et protocoles existants. La démarche consiste également en la mise en conformité des locaux et appareillages dédiés aux activités du CNR. La gestion du matériel permet en outre de garantir l’utilisation d’équipements fiables, appropriés aux besoins et surveillés en temps réel. La gestion des réactifs et consommables (sélection et évaluation des fournisseurs, distribution et évaluation des produits) est assurée également. L’accréditation ISO 15189 a été octroyée au CNR mycoses à la suite de l’audit BELAC de mai 2013 (BELAC 128 MED). En 2014, toutes les procédures du CNR mycoses ont été révisées et réactualisées. Un audit de surveillance a eu lieu en janvier 2015 qui a confirmé le respect de la norme ISO15189.

Activités de surveillance

Régulièrement le CNR met en place des activités de surveillance. En 2013, une étude épidémiologique concernant les souches de M. audouinii et T. violaceum responsables de teignes a été organisée au niveau national.

Le CNR Mycoses de Liège a également collaboré à l’étude nationale TANSIR, concernant les candidémies.

Activités de recherche
- Le CNR a participé à une étude visant le développement et la validation clinique d’un test PCR en temps réel pour la détection de plusieurs espèces de dermatophytes directement à partir d’échantillons d’ongles, de peau et de cheveux. Une étude préliminaire de ce travail a été présentée à l’ECCMID 2014. Une validation clinique de ce test sur les ongles sera présentée au TIMM à Lisbonne en octobre 2015.
- Un PhD est en cours portant sur la "caractérisation biochimique et génomique des protéases de Microsporum audouinii" en co-tutelle avec l’Université de Tunis (Professeur Raies).
- En 2014, une souche atypique de T. mentagrophytes a été isolée à plusieurs reprises (8 souches) essentiellement chez les jeunes adultes (tranche d’âge 20-40 ans la + concernée). Ces souches présentent généralement un aspect macroscopique ressemblant à M. canis avec un pigment jaune marqué et des caractéristiques microscopiques variables rendant leur identification difficile. Ces souches atypiques proviendraient de cobayes infectés. La recrudescence de cette espèce, pouvant même être responsable de tinea capitis, a également été mis en évidence en Allemagne. Le séquençage ITS de ces souches les identifie en tant que A. benhamiae. Une étude préliminaire sur le Diversilab permet de mettre en évidence que ces souches atypiques forment un groupe distinct correspondant à la souche A. benhamiae qui se distingue par son empreinte génétique de T. mentagrophytes var. interdigitale.

Activités de formation

Les biologistes et scientifiques peuvent compléter leur spécialisation en mycologie médicale en suivant la formation organisée à l'Université Catholique de Louvain intitulée "Specialization course in medical mycology". Cette formation est dispensée tous les 2 ans en anglais. Elle consiste en des cours théoriques et des travaux pratiques et est d'une durée de 2 semaines.

Une formation destinée aux technologues de laboratoire est également organisée à l'Université Catholique de Louvain. Cette formation, d'une durée d'une semaine est dispensée en français et en néerlandais et comprend une partie pratique adaptée aux technologues.

Pour plus d'infos voir le lien: http://www.medmycol.be/mycology-courses.php